El ecosistema del archipiélago está compuesto por seis pequeños islotes rocosos: La Pastosa, De los pájaros, Redondo, Ortiz Norte, Ortiz Sur y Lobos. De todos ellos, el islote Lobos es el más septentrional y se caracteriza por ser exclusivamente rocoso y sin vegetación. En cambio, los demás islotes están cubiertos por material sedimentario más reciente, como arena, conchilla y guano.
Durante la bajamar, los islotes se comunican con tierra firme a través de tómbolos, que son barras sedimentarias y rocosas. Esta conexión temporal deja al descubierto un extenso intermareal rocoso y arenoso, pozas de marea y rocas aisladas.
Además, el archipiélago cuenta con albúferas, lagunas litorales de agua salada que están separadas del mar por un cordón de arena y sedimentos, pero que están en comunicación parcial con él. Estas características confieren un atractivo particular al área.